寄生虫病は、ウイルス感染症や細菌感染症と比較すると、しばしば過小評価されがちです。しかし、その公衆衛生上の重要性は決して軽視できません。注目度は低くとも、寄生虫病は現在も世界各地で蔓延しており、特に途上国では依然として深刻な公衆衛生上の課題となり続けています。
実際、世界保健機関（WHO）は、寄生虫病が大きな割合を占める NTDs（neglected tropical diseases：21疾患中12疾患が寄生虫関連）を感染症対策の主要ターゲットとして位置づけ、国際的な取り組みを継続しています。

先進国においても、寄生虫病が完全に消失したわけではありません。日本においても、トリコモナス症、アカントアメーバ角膜炎、赤痢アメーバ症、トキソプラズマ症などの寄生虫による感染症は依然として全国的に報告されており、先進国の衛生環境や医療体制においても寄生虫病リスクが完全に排除されていないことを示しています。
また、近年普及した分子系統分類学的手法によるDNAバーコーディングは寄生虫の同定精度を大きく向上させ、これまで知られていなかった多様な動物由来寄生虫の偶発的人体寄生例が報告されるなど、寄生虫病の多様性に新たな視点をもたらしています。
当教室では、国内の寄生虫病対策の一環として、AMED熱帯病治療薬研究班における「寄生虫感染症の網羅的メタバーコーディング解析法開発」を担当し、全国から寄せられる臨床検体に対して分子検出・同定を実施しています。

日本では、かつて広く蔓延していた土壌伝播線虫症（回虫・鞭虫・鉤虫）、蚊を介して感染するフィラリアによる糸状虫症、住血吸虫症などの多くの寄生虫病がほぼ撲滅され、現在、寄生虫病に日常診療で遭遇することは極めて稀となっています。
また、あまり知られていませんが、途上国では日常的に検出される様々な非病原性の腸管寄生原虫を含む多彩な腸内微生物が、先進国においては衛生環境の改善に伴い消滅しています。つまり、一般的に途上国と比較すると先進国では腸内微生物叢の多様性は低くなっています。
一方、古来より人類と共生してきた上記のような多様な寄生虫病や感染症の消失が、アレルギー疾患や自己免疫疾患の増加に寄与している可能性が指摘され、衛生仮説（Hygiene Hypothesis）と呼ばれています。これは、清潔な生活環境によって乳幼児期の微生物・感染因子への暴露が減少し、その結果として宿主免疫系の成熟が阻害され、免疫関連疾患の増加につながっているのではないかとする仮説です。このため、衛生仮説は biome depletion theory（生物叢枯渇仮説）や lost friends theory（失われた旧友仮説）とも称されています。
人類史の大部分において、ヒトは多様な微生物と密接に共生してきました。こうした長期的共生関係は免疫系進化に影響を与えており、特に非病原性寄生虫の一部は相利共生・片利共生的関係を通して免疫成熟に寄与してきた可能性が議論されています。
現代の清潔環境がヒトの共生微生物レベルでの多様性の低下を生み出していることは明らかですが、衛生仮説には依然として大きな問いが残されています。すなわち、高度に清潔化された環境において、宿主免疫の成熟に必須と考えられる何が失われたのか、そしてその喪失がどのような機序で免疫関連疾患の増加につながっているのかという根本問題です。
寄生虫はその候補因子の一つと考えられますが、その役割はまだ十分に解明されておらず、「寄生虫＝失われた免疫成熟因子（factor X）」という仮説も依然として検証段階にあります。

当教室では、この factor X の候補として、非病原性の腸管寄生原虫に注目しています。これは、インドネシア、ケニアなどでの長年のフィールドワークの際に、健常学童、つまり腹痛や下痢症などの症状を全く示さない学童から、極めて多様な腸管寄生原虫を検出・同定してきたことによります。従来の寄生虫学の研究においては基本的に調査対象となってこなかった、このような共生タイプの腸管寄生原虫は、まさに宿主への適応ゆえに、宿主の腸管における免疫成熟に一定の役割を果たしている可能性があると考えています。

以上の背景を踏まえ、当教室では腸内原虫叢の網羅的メタバーコーディング解析手法の確立を基盤とし、非病原性腸管寄生原虫が腸内微生物叢の一員として宿主に及ぼす有益作用の解明を目指しています。
さらに、このような原虫叢による免疫調節作用を将来的にはアレルギー疾患・自己免疫疾患の新規治療戦略として応用することを展望しています。臨床応用としては、プロバイオティクスや糞便微生物移植（FMT）などを通じた特定原虫群の腸管導入を想定しています。
また、衛生仮説が示す共生微生物の重要性は、前世紀から感染症対策として継続的に実施されてきた「種の根絶」政策への重要な警鐘でもあります。たとえ病原性微生物であっても、「種の根絶」を前提とした予防医学的な介入は、倫理的問題だけでなく、予期せぬ生態学的影響を引き起こす可能性があるため、なんらかの形で根絶対象の種であっても生物資源として保護し、可逆的なかたちで実施する慎重さが必要です。

The burdens of parasitic diseases, although often underestimated compared with viral and bacterial infections, remain a critical component of global public health. The WHO identifies parasitic infections as major contributors to the Neglected Tropical Diseases (NTDs), accounting for 12 of the 21 designated conditions. Despite significant progress, these infections continue to impose substantial health and socio-economic burdens, particularly in low- and middle-income countries.

Parasitic diseases have not been completely eliminated in industrialized nations. In Japan, infections such as trichomoniasis, Acanthamoeba keratitis, amebiasis, and toxoplasmosis continue to be reported nationwide, demonstrating that parasitic disease risk persists even under advanced sanitation and healthcare systems.
Recent developments in molecular phylogenetics and DNA barcoding have markedly improved parasite identification, revealing previously unrecognized zoonotic and accidental human infections. Our laboratory contributes to national diagnostic capacity by developing comprehensive metabarcoding-based detection methods as part of an AMED-supported research initiative.

Many parasitic diseases historically endemic to Japan—soil-transmitted helminthiases, filariasis, schistosomiasis—have been nearly eliminated. In contrast, diverse non-pathogenic intestinal protists commonly detected in children in low-resource settings have disappeared from populations in developed regions due to improved sanitation. Consequently, gut microbial diversity has markedly declined in these environments.
The disappearance of long-standing microbial and parasitic exposures has been implicated in rising allergic and autoimmune diseases, a concept known as the "Hygiene Hypothesis" proposes that reduced early-life exposure to microorganisms interferes with immune maturation. Closely related frameworks include the "biome depletion theory" and the "lost friends theory".
Throughout human evolution, humans have lived in intimate association with diverse microorganisms. These long-term relationships have shaped immune system development, and certain non-pathogenic protists may have contributed to immune education through mutualistic or commensal interactions. However, the identity of the essential elements lost in modern sanitary environments—and the mechanisms by which their absence predisposes individuals to immune dysregulation—remain unresolved.

Our laboratory focuses on non-pathogenic intestinal protists as potential candidates for the missing “factor X” in immune maturation. Long-term field studies in Indonesia and Kenya have demonstrated that healthy, asymptomatic schoolchildren frequently harbor diverse intestinal protists. These organisms, traditionally excluded from parasitological research, may represent long-standing symbionts adapted to the human host and potentially contributing to gut immune development.

Building on these findings, we aim to elucidate the beneficial roles of non-pathogenic intestinal protists within the gut microbiome using high-resolution metabarcoding approaches. We also explore their potential as novel immunomodulatory agents for allergic and autoimmune diseases. Potential clinical strategies include the targeted introduction of specific protist groups through "probiotics" or "fecal microbiota transplantation (FMT)".
Moreover, insights from the Hygiene Hypothesis highlight the need to re-evaluate long-standing pathogen eradication strategies. Even pathogenic microorganisms, when targeted for permanent elimination, may pose ethical and ecological risks by causing unforeseen ecological consequences. Thus, eradication-based preventive interventions should be reconsidered carefully and implemented in reversible, biodiversity-conscious ways whenever possible.

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Nagano S, Matsubayashi M, Kita T, Narushima T, Kimata I, Iseki M, Hajiri T, Tani H, Sasai K, Baba E: Detection of a mixed infection of a novel Cryptosporidium andersoni and its subgenotype in Japanese cattle. Vet Parasitol. 2007 Nov 10;149 (3-4) : 213-8.

Tokoro M， Nakamoto K， Hussein AIA, Arai T
Genotyping of Cryptosporidium species: current status and future direction.
Parasitic Zoonoses in Asian-Pacific Regions 2006(Edited by Nagano I and Takahashi Y)2006:3-7　ISBN978-4-88361-444-8
Publisher: Sankei-sha Co., Ltd.

Hussein AIA， Nakamoto K， Yamaguchi T，Yoshida T, Tokoro M
Technical notes for the genotyping of Giardia intestinalis.
Parasitic Zoonoses in Asian-Pacific Regions 2006:10-13

Nozaki T, Ali V, Tokoro M
Sulfur-containing amino acid metabolism in parasitic protozoa.
Advances in Parasitology. 2005;60:1-99.

Abe N, Kimata I, Tokoro M
Genotyping of Giardia Isolates from Human in Japan Using the Small Subunit Ribosomal RNA and Glutamate Dehydrogenase Gene Sequences.
Japan Journal of Infectious Disease 2005; 58:57-58.

Tokoro M, Asai T, Kobayashi S, Takeuchi T, Nozaki T
Identification and characterization of two isoenzymes of methionine gamma-lyase from Entamoeba histolytica. A key enzyme of sulfur-amino acid degradation in an anaerobic parasitic protist that lacks forward and reverse trans-sulfuration pathways.
Journal of Biological Chemistry 2003 Oct 24;278(43):42717-27.

Sanuki J, Nakano K, Tokoro M, Nozaki T, Okuzawa E, Kobayashi S, Asai T.
Purification and identification of major soluble 40-kDa antigenic protein from Entamoeba histolytica : its application for serodiagnosis of asymptomatic amebiasis.
Parasitology International 2001;50:73-80.

Nozaki T, Saito-Nakano Y, Tokoro M, Takeuchi T.
Sulfur-amino acid biosynthesis in Entamoeba. Characterization of a gene-encoding cystathionine gamma-synthase involved in methionine biosynthesis from entamoeba.
Archives of Medical Research 2000 Jul-Aug;31(4):S69-70.

Nozaki T, Tokoro M, Imada M, Saito Y, Abe Y, Shigeta Y, Takeuchi T.
Cloning and biochemical characterization of genes encoding two isozymes of cysteine synthase from Entamoeba dispar.
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（和文論文等）
川合覚、所正治、福島篤仁、菱沼昭、阿部圭一郎、平石秀幸、古米　遥、町田浩美、今井康雄、加藤正人、櫻岡佑樹、窪田敬一、千種雄一.
膵液中よりランブル鞭毛虫の栄養体が検出された1症例. 日本臨床寄生虫学会誌 2018;29(1);33-36.

畑中秀亮、荒井久治、所正治、Joko Hendarto Tukimin、永元健啓、水野哲志. 尿沈渣におけるトリコモナス原虫の検出状況. 日本臨床寄生虫学会誌 2018;29(1);24-26.

所正治、原田憲一、水野哲志. 胃癌切除標本中に認められたAnisakis pegreffiiの1例. 日本臨床寄生虫学会誌 2018;29(1);80-82.

所　正治、松下萌未、西口恭平、谷口舞子、朝倉亜希子、森麻奈加、川崎洋輔、徳田貴昭、佐藤悠、齊木浩二、徳田有記、石見亜矢、大西良輝、河合知代、濱野美奈、千葉三保、山本克己、巽信之、日照田敦子、永元健啓. 胆嚢癌にともなう肝膿瘍から検出された口腔トリコモナス. 日本臨床寄生虫学会誌 2017;28(1);90-92.

水野 哲志、永元 健啓、所 正治、三星 アカリ、伊藤 雄介. 分子生物学的手法によりPseudoterranova azarasiと同定された腸管外アニサキス症の一例. 日本臨床寄生虫学会誌 2017;28(1);28-31.

馳　亮太、伊藤禎浩、福田和司、所　正治、永元健啓. 確定診断にPCR検査が有用であったアメーバ性肝膿瘍の1例. 日本臨床寄生虫学会誌 2016;27(1);84-86.

所　正治、菱矢直邦、新井正伸、有沢富康、太田雅文、荒山駿介、永元健啓、及川陽三郎
形態的に赤痢アメーバを検出し得なかったアメーバ性肝膿瘍の2例
日本臨床寄生虫学会誌 2015;26(1);96-99.

所　正治、菱矢直邦、新井正伸、有沢富康、太田雅文、荒山駿介、永元健啓、及川陽三郎
形態的に赤痢アメーバを検出し得なかったアメーバ性肝膿瘍の2例
日本臨床寄生虫学会誌 2015 in press.

児玉義勝、ラハマン・ショフィクル、梅田浩二、ヌグエン・バン・サー、寺本勲、所正治
クリプトスポリジウムP23糖タンパク質抗原に対する機能性リベチン（Immunoglobulin Yolk: IgY）を用いた経口受動免疫の野外応用
臨床獣医2014.8.1（緑書房）. 32(8)：41-45

及川陽三郎、所　正治、小林　顕
液体培地を用いたアカントアメーバの簡易培養と容器付着性シストの検出
寄生虫学：材料と方法　2013年版　2013.12.10　三恵社：41-15
ISBN978-4・86487・137・2 C3047

所　正治、山本　剛、石原温子、坂井理恵
臍帯血および羊水からPCRによってトキソプラズマが検出された先天性トキソプラズマ症例
日本臨床寄生虫学会誌 2013;24 (1);27-29.

及川陽三郎、松村隆弘、所　正治
石川県のClinostomum sp.症例について
日本臨床寄生虫学会誌 2013;24 (1);15-17.

松村隆弘、油野友二、寺崎修一、所　正治
低タンパク血症にみられたジアルジア症の1例
日本臨床寄生虫学会誌 2013;24 (1);15-17.

松村隆弘、油野友二、西村泰行、所　正治
胃瘻造設術後に見られた好酸球増多を契機に発見されたジアルジア症
日本臨床寄生虫学会誌 2012;23 (1);86-89.

山田稔、手越達也、谷川真理、八城博子、浜畑昌代、吉川尚男、橘裕司、所正治、張栄済
赤痢アメーバ感染症の2例：Entamoeba dispar感染にヒトブラストシスチスおよび小形アメーバが検出されたブラジル人症例と回盲部に潰瘍を認めた無症候性E. histolytica感染の日本人症例
日本臨床寄生虫学会誌 2012;23 (1);82-85.

荒井朋子、所　正治、近藤恭夫、細川晃平、佐藤保則
血清検体からPCR により検出された骨髄移植後のトキソプラズマ脳症
日本臨床寄生虫学会誌 2010;21 (1);16-19.

所 正治、伊藤 誠、水野哲志、Rahman Moshiur、Din Syafruddin
獲得免疫がジアルジア感染を抑制しているのか？
Recent Advances in Medical Sciences: Parasites and their Human and Animal Hosts 2010;31-33

及川陽三郎、Amjad Hussein、小林 顕、横川英明、所 正治、北川和子
アカントアメーバ角膜炎の患者分離株とコンタクトレンズ保存ケースよりの分離株の比較
Recent Advances in Medical Sciences: Parasites and their Human and Animal Hosts 2010;35-40

松村隆弘、 仲本賢太郎、所 正治
ヒト糞便検体からのGiardia intestinalisの分離培養: 新規分離株の培養条件の検討
Recent Advances in Medical Sciences: Parasites and their Human and Animal Hosts 2010;53-56

仲本賢太郎、荒井朋子、所　正治、上村　清、藤澤裕子、橋本知幸林
糞便中の幼虫よりハエ蛆症が疑われ、後に食品害虫であるジンサンシバンムシと同定された１症例
日本臨床寄生虫学会誌 2009;20 (1);108-110.

所　正治、仲本賢太郎、荒井朋子、金子佳史、林宣　明、上田幹夫
HIV感染に合併した内臓リーシュマニア症の一例
日本臨床寄生虫学会誌 2009;20 (1);96-98.

及川陽三郎、田原研司、吉田知代、荒井朋子、所　正治、高田伸弘
わが国の野鼠血液からの病原体検出状況―特にネズミバベシアについての分布と感染性の考察
大原年報（Annu. Rep. Ohara Hosp.）2009;49;7-14.

所　正治、Amjad I. A. Hussein、田中身和、山口智博、森尾友宏、佐藤隆介、水谷修紀
免疫低下にともなうMAC感染症に合併した呼吸器クリプトスポリジウム症の一例
日本臨床寄生虫学会誌 2008;19 (1);55-58

所　正治、山口智博、田中身和、小林　顕、及川陽三郎
病原性寄生原虫における分子分類の現状.
Current status of molecular taxonomy in pathogenic protozoan parasites
十全医学会雑誌2008.6;117 (2):53-57.

所　正治、吉田知代、荒井朋子、井関基弘、古川　博、小松八千代
PCR法によるサイクロスポーラの検出と種の同定.
日本臨床寄生虫学会誌2006.3;17 (1):145-148.

所　正治、井関基弘
腸管寄生原虫検出におけるMIF変法の評価.
日本臨床寄生虫学会誌 2005.3;16(1):53-57.

所　正治、井関基弘
臨床で問題になるいくつかの "原虫" の分類に関する最近の知見.
日本臨床寄生虫学会誌2005.3;16(1):9-12.

山本徳栄、砂押克彦、山口正則、森田久男、森永安治、川名孝雄、高木正明、鳥海　宏、所　正治、井関基弘
クリプトスポリジウム症患者におけるオーシスト排出数の推移と排出期間.
日本臨床寄生虫学会誌2005.3;16(1):73-75.

福羅匡普、川原　弘、山田真善、高瀬修二郎、及川陽三郎、所　正治
ＰＣＲ法による糞便中遺伝子の検出が診断および治療効果の判定に有用であったアメーバ赤痢の１例.
内科　2005.5.1;95(5):989-991.

（その他著書）
所　正治（分担）
消化管・泌尿生殖器寄生の原虫症
今日の治療指針―私はこう治療している　2016.1（医学書院）:288-289.

所　正治（分担）
トキソプラズマ症
今日の診断指針　第7版　2015.3（医学書院）: 1429-1431.

所　正治（分担）
トキソプラズマ症
今日の治療指針―私はこう治療している　2015.1（医学書院）:266-267.

所　正治
リーシュマニア症
今日の治療指針―私はこう治療している2014.1（医学書院）:260-262

松村隆弘、所　正治
消化器症状を主症状とする寄生虫感染症　ジアルジア症、クリプトスポリジウム症、サイクロスポーラ症
臨床と微生物41(4)見逃すな、寄生虫感染症　2014.7（近代出版）：21-25

所　正治
消化管原虫症
日本臨牀別冊　感染症症候群（下）(第２版)2013.9.30　日本臨牀社：331-335.

所　正治
ジアルジア症(ランブル鞭毛虫症)961-962
クリプトスポリジウム症　965
疾患・症状別今日の治療と看護改訂第3版（改訂第3版）2013.3.30　南江堂:　総ページ数　1467

所　正治
ジアルジア症(ランブル鞭毛虫症)961-962
クリプトスポリジウム症　965
今日の治療と看護（改訂第3版）2013.3.30　医学書院

所　正治　分担執筆
「寄生虫疾患概論」1878-1880
「赤痢アメーバ症」1885-1886
「自由生活アメーバによる感染症」1886-1887
「ランブル鞭毛虫症（ジアルジア症）」1889
「クリプトスポリジウム症, イソスポーラ症, サイクロスポーラ症」1890-1891，
「膣トリコモナス症」1891
カラー版内科学　2012.7.24　西村書店

所　正治
消化管・泌尿生殖器寄生の原虫症
今日の治療指針―私はこう治療している2012.1（医学書院）:240-241

吉川尚男、橘、所　正治、阿部
腸管寄生原虫の遺伝子検査法
検査と技術vol.40(No.6) 2012（医学書院）:478-492

荒井朋子、所　正治. クリプトスポリジウムのオーシストの染色「Medical Technology」別冊　新　染色法のすべて2011.3.25 （文光堂）:372-373

井関基弘、所　正治. クリプトスポリジウム症. 改訂版　人獣共通感染症（木村　哲、喜田　弘、編、医薬ジャーナル社）2011.2.20:406-414.

所　正治
トキソプラズマ症
今日の治療指針―私はこう治療している2011.1.1（医学書院）:252-253

所　正治
肝クリプトスポリジウム症
別冊　日本臨床　新領域別症候群シリーズNo.13 肝・胆道症候群（第2版）―その他の肝・胆道系疾患を含めて―　2010.9:131-134.

所　正治
われらが研究室：フィールドから実験室まで－寄生虫を専門とする研究室
Medical Technology 2010.9（文光堂）: 438-439.

所　正治
外来を訪れる寄生虫症：抗原虫薬：メトロニダゾール、チニダゾール、ST合剤
Medical Practice 2010.9（文光堂）: 438-439.

所　正治、井関基弘
クリプトスポリジウムとジアルジア
広範囲血液・尿化学検査・免疫学的検査―その数値をどう読むか－[第７版] 日本臨床 2010.6;68(6)増刊号:263-266.

所　正治
ランブル鞭毛虫症（ジアルジア症）、その他の原虫症
今日の消化器疾患治療指針　第3版　2010.3（医学書院）: 438-439.

所　正治
クリプトスポリジウム症
今日の診断指針　第6版　2010.3（医学書院）: 1387-1388.

所　正治、竹内勤
腸管寄生虫症
別冊　日本臨床　新領域別症候群シリーズNo.12 消化管症候群（第2版）―その他の消化器疾患を含めて―　2009.9:70-74.

井関基弘：原虫（原生動物）．渡邉信 ・西村和子・内山裕 夫・奥田徹・加来久敏・広木幹也（編）「微生物の事典」、2008.9.（朝倉書店）:410-413.

所　正治
クリプトスポリジウム症
別冊　日本臨床　新領域別症候群シリーズNo8 呼吸器症候群（第2版）―その他の呼吸器疾患を含めて―　2008.12:188-191.

所　正治
寄生虫性肝胆系疾患/特集・肉芽腫性肝疾患の基礎と臨床
肝胆膵2008.10（アークメディア）；57(4):565-570

所　正治
クリプトスポリジウム症/特集・寄生虫感染症
化学療法の領域2008.9（医薬ジャーナル社）; 24(9): 21-25

所　正治
消化管・泌尿生殖器寄生の原虫症
今日の治療指針―私はこう治療している2008.1（医学書院）:184-186

仲本賢太郎、所　正治
世界的にみた感染症の検査法―赤痢アメーバ、クリプトスポリジウム
臨床と微生物 2007.7; 34(4): 329-334 (近代出版)

所　正治
ジアルジア症（ランブル鞭毛虫症）・クリプトスポリジウム症
寄生虫症薬物治療の手引き（ 2007年.1）改訂第6.0版（熱帯病治療薬研究班）:11-14

所　正治、仲本賢太郎
腸管寄生原虫の病原因子.
日本臨床：増刊新感染症学　-新時代の基礎・臨床研究-（下）2007.3;65(増刊号３):470-473.

井関基弘、所　正治
クリプトスポリジウム症.
日本臨床：増刊新感染症学　-新時代の基礎・臨床研究-（下）2007.3;65(増刊号３):287-290.

所　正治、井関基弘
クリプトスポリジウム症: 特集/消化管寄生虫症の最近の話題.
G.I.Research 2006.8;14(4):336-341.

所　正治、井関基弘
クリプトスポリジウム.
広範囲血液・尿化学検査・免疫学的検査―その数値をどう読むか－[第６版] 日本臨床 2005.7;63(7)増刊号:256-258.

所　正治
赤痢アメーバの病原性.
臨床と微生物　2005.5;32(3):227-231.

所　正治、井関基弘
飲料水から感染する寄生虫症.
治療　2004.10;86.(10):80-84.

井関基弘、所　正治
クリプトスポリジウム症.
人獣共通感染症（木村　哲、喜田　弘、編、医薬ジャーナル社）2004.8.10:321-328.

所　正治
第１１回国際感染症学会議参加報告.
週間医学会新聞　2004.5.17;2584:5.

井関基弘、所　正治
クリプトスポリジウム症.
小児科　2004.3.;45.(4) 増刊号：171-176.

井関基弘、所　正治
水に関連した感染症 -クリプトスポリジウム症を中心に-.
成人病と生活習慣病　2003.9;33(9):1031-35.

小林正規、所　正治、竹内勤
赤痢アメーバ.
臨床と微生物　2000.10.;27増刊号:152-155.

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